香菇采收后按大小分拣，随后剪柄：剪刀贴菌盖基部剪平，柄留半厘米到一厘米（出口标准按等级各异）。柄剪长了等级掉价，剪短了伤及菇肉发霉风险升。剪下的菇柄单独收集，是菇柄粉、调味粒的原料。
剪柄菇按盖径、厚薄、色泽三级分档，分别进入干制线。带柄晒干的“冬菇”在部分地区更受欢迎（如日式干香菇讲究“原木整菇”），去柄与否先看目标市场的规矩。
香菇去杂还包括“去屑去虫”：干制后的香菇震荡筛去菇屑粉尘，灯检挑出虫蛀菇（盖面有细孔与蛀粉）。干香菇出口检验中“虫蛀率”是一票否决项，剪柄分级时的眼力，就是检验前的最后一道闸。