刚摇出的蜂蜜中含有蜂蜡碎屑、少量花粉和蜂胶，直接装瓶卖相不佳。粗滤用六十目左右的滤网趁蜜温在三十五度上下时进行，温度过高会破坏淀粉酶活性，过低则黏稠难滤。
精滤通常用一百二十目滤网，能去掉绝大部分微粒。但要注意：滤得过细会把花粉也滤掉，蜂蜜的风味层次和部分营养随之流失。市面上透明如水的蜂蜜，多经过高温融晶加超细过滤，卖相好，但“土味”也所剩无几。
有些蜜源批次含水量偏高，波美度不足四十度，容易发酵。这时可以低温真空浓缩，把水分降到百分之二十以下，温度控制在五十度以内，尽量保住酶值。若只为家庭自用，选择天气晴好、封盖率高的时段取蜜，比任何浓缩都可靠。