液态发酵结束的新醋，悬浮着酵母菌体与蛋白胶体，浑浊且有轻微酵母味。传统精制就是“陈”：陶缸静置三个月以上，杂质自然沉降，酸味由尖锐转圆润。
取醋忌搅动，用虹吸管从液面下十厘米处抽取上清，避开底部沉淀。追求商品级透亮，可再过一道硅藻土或细滤纸；家庭操作用多层纱布夹脱脂棉即可，滤前若加少量蛋清清澄清法（蛋清受热凝聚吸附杂质），效果更佳。
精制中有个取舍：过度过滤会损失醋的风味物质与氨基酸，“太清”的醋往往也“太薄”。保留轻微的挂壁与微黄色，是酿造醋的体面。装瓶后巴氏杀菌（七十度半小时）止住继续发酵，防止装瓶后返浑。