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枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）,为革兰氏阳性菌，广泛存在不同环境中的一种需氧菌，其在土壤及腐败的有机物，植物表面普遍存在，易在枯草浸汁中繁殖生长，在人和动物肠道内亦发现共生。枯草芽孢杆菌是芽孢杆菌属中的一种，直杆状，单个细胞（0.7-0.8）*（2-3）μm，无荚膜，周生有鞭毛，能运动，可形成内生抗逆芽孢，大小为（0.6-0.9）*（1-1.5）μm，稍小于原菌体，主要位于中央，芽孢形成后菌体不膨大。生长、繁殖速度较快，菌落表面呈污白或微黄色，粗糙不透明，易扩张。枯草芽孢杆菌具有生殖生长期、孢子休眠期两个时期，在环境恶劣、营养物质缺乏时进入孢子休眠期，形成具有极强抗逆作用，高温、酸碱等极性环境下亦可生存的芽孢。一旦环境变得适宜生长、营养充足，芽孢会自动复苏进入生殖生长期。
1.活化土壤、增加肥效。枯草芽孢杆菌能加速土壤中有机物质分解，有效提高耕地肥力、改善土壤供肥环境。枯草芽孢杆菌在土壤中快速的生长代谢过程中产生了一系列的代谢产物是土壤团粒结构的粘合剂，增强土壤团粒结构，提高保水保肥能力，提高化肥利用率。增加土壤有机质，协助释放土壤中的潜在养分。
2.抑制土传病害。枯草芽孢杆菌作为一种植物根际、体表和体内的有益微生物，可改善作物周围的生态环境，明显地降低土传病害的侵染，降低重茬作物的病情指数，连年施用可大大缓解连作障碍。
3.提高作物抗病、抗旱、抗寒能力。
地衣芽孢杆菌（学名：Bacillus licheniformis）是一种土壤中常见的革兰氏阳性菌。菌体直杆状、成链，光学显微镜下长2.5-3 μm，x 宽1-1.2 μm。产生近中生的椭圆或柱状芽孢。菌落在肉汁培养基上为扁平、边缘不整齐、白色、表面粗糙皱褶，24小时后菌落直径可达到3mm。液体培养浑浊，形成沉淀。生长温度15-45℃，适宜PH 7.7-8.3，PH 5.7生长，能在7% NaCl中生长，可以厌氧生长。
1、抑制病原菌对植物的侵袭，减少植物土传病害，提高幼苗成活率。
2、促进植物生长发育。比如促进发芽，促进根系生长，促进作物分蘖，促进作物穗分化，促进作物粒重增加。
3、增加植物生物产量。使用地衣芽孢杆菌后，从生物产量增加情况来看，营养器官增产幅度较生殖器官大，双子叶植物增产幅度较单子叶植物大。例如，稻麦应用地衣芽孢杆菌增产幅度在5%-10%，油菜、花生应用地衣芽孢杆菌增产幅度在10-15%，而甘薯、萝卜等应用地衣芽孢杆菌增产幅度在15%以上。
4、提高植物的抗逆性。经地衣芽孢杆菌处理过的植物抗逆性普遍提高，除抗病、抗寒、抗旱性有明显提高以外，其他如抗干热风、抗霜冻能力均有提高。
5、改进植物品质，提高产品质量，延长保质期。比如地衣芽孢杆菌能明显地推迟果实腐烂，降低果腐率，抑制病斑扩展。提前移接对病菌的抑制率效果表现明显。
6、有助于降解拟除虫菊酯类农药残留：田间试验结果表明，地衣芽孢杆菌对于田间拟除虫菊酯残留，5d内的去除率可达90%以上。
需氧量不一样
枯草芽孢杆菌是好氧菌，在氧气充足的条件下才能生长良好，而地衣芽孢杆菌属于兼性厌氧菌，也就是在有氧、无氧的环境下都可以生长良好，因此土壤板结厉害及水田等含氧量低的土壤，使用地衣芽孢杆菌效果会更好些；
此外，对于生长环境酸碱性方面，地衣芽孢杆菌适应性更强，在较强碱性条件依然能够生长良好，而枯草芽孢杆菌更适合中性及弱碱性条件，因此，碱性土壤更适合使用地衣芽孢杆菌。
增加土壤肥力不同
枯草芽孢杆菌是好氧菌，在氧气充足的条件下才能生长良好，而地衣芽孢杆菌属于兼性厌氧菌，也就是在有氧、无氧的环境下都可以生长良好，因此土壤板结厉害及水田等含氧量低的土壤，使用地衣芽孢杆菌效果会更好些；
此外，对于生长环境酸碱性方面，地衣芽孢杆菌适应性更强，在较强碱性条件依然能够生长良好，而枯草芽孢杆菌更适合中性及弱碱性条件，因此，碱性土壤更适合使用地衣芽孢杆菌。
增加土壤肥力作用不同
枯草芽孢杆菌固氮作用显著，且产生的酶类主要是纤维素酶，能够更多地分解土壤中的纤维素及其衍生物；而地衣芽孢杆菌解磷、解钾效果更好，其产生更多的蛋白酶，增加土壤中蛋白类物质、多肽类物质及氨基酸等的含量，可以更好地降低土壤农残及重金属危害。
抑菌防病的主要作用方式不同
枯草芽孢杆菌在生长过程中主要通过产生枯草菌素、多粘菌素等活性物质来抑制病原菌的生长；而地衣芽孢杆菌则能产生更多的蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶等酶类，增加作物吸收利用的营养物质和促生长物质，从而提高作物抵抗病害的能力。所以说，如果已经发生病害，用枯草芽孢杆菌来处理效果可能会更好些。