目前在市场上推广时，微生物菌剂按内含的微生物种类或功能特性分为：根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂；剂型以液体为主，也有粉剂、颗粒型。
（一） 枯草芽孢杆菌
属于细菌，是芽孢杆菌属一种，革兰氏阳性菌。
枯草芽孢杆菌与病原微生物存在竞争关系，包括营养竞争和空间位点竞争两个方面。枯草芽孢杆菌在空间位点竞争上占更多优势，即在土壤中快速、大量繁衍和定殖，有效地阻止病原微生物的繁殖，干扰植物病原微生物对植物侵染，破坏病原微生物在植物上的定殖，从而达到抑菌控病效果。
枯草芽孢杆菌具有溶菌作用，其吸附在病原真菌的菌丝上，伴随菌丝共同生长，生长过程中会产生溶菌物质，从而消解菌丝体。
枯草芽孢杆菌产生抗菌物质，产生能够抑制细菌、病毒、真菌和病原体的生长的抗生素类物质，这些抗菌物质以磷脂类、氨基糖类、肽类和脂肽类等抗生素为主。其中，脂肽类抗生素是枯草芽孢杆菌最重要的抗菌物质。
（二） 解淀粉芽孢杆菌
能产生液化淀粉酶，故而取名为解淀粉芽孢杆菌，是一种与枯草芽孢杆菌亲缘性很高的细菌，对人畜无害的安全菌株，为革兰氏阳性菌。其能形成内生芽孢，有运动性，在其生长过程中能产生一系列抑菌代谢物。在自然界中，解淀粉芽孢杆菌广泛存在与植物根际的土壤中、叶片、果实中。
解淀粉芽孢杆菌能够分泌抗菌物质，主要有抑菌蛋白（天然抗生素）、多肽类、脂肽类物质和聚酮化合物。此外，解淀粉芽孢杆菌还能够通过生态位的竞争、诱导系统抗性来抑制多种病原菌。
（三）地衣芽孢杆菌
属于细菌，是芽孢杆菌属一种，革兰氏阳性菌。
地衣芽孢杆菌在土壤中会迅速繁殖，占领空间，可分泌蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶和纤维素酶，促进田间秸秆、麦麸等的降解，使植物可以有效的吸收其中的营养物质。
地衣芽孢杆菌能产生抗活性物质，包括核酸类、氨基酸类、腐植酸类等，对多种动植物及人类病原菌起到明显抑制作用，在农业生产领域应用广泛。
（四） 胶冻样芽孢杆菌
又称硅酸盐细菌，由于其生命活动作用可将含钾矿物中的难溶性钾溶解出来供作物利用，并将其称为钾细菌，是农田中常用的土壤细菌。胶冻样类芽孢杆菌具有繁殖快速、生命力强、安全无毒等特点。胶冻样类芽孢杆菌能够解磷、解钾、固氮、大幅提高肥料利用率，减少化肥用量。
（五）多粘类芽孢杆菌
厚壁菌门，芽孢杆菌科，类芽孢杆菌属，是一种产芽孢的革兰氏阳性细菌，好氧或兼性厌氧生活。
多粘类芽孢杆菌可产生多种可利用的代谢活性物质，按其结构可分为肽类、蛋白质类、多糖类等，这类物质能生物固氮，能溶磷、解钾，还具有拮抗微生物、促进植物生长等功能。当其作为微生物肥料施用给植物时，能迅速在植物根际、内部定植并形成“生物膜”，促进植物对营养物质的吸收。
03微生物肥料优劣区别
市面上的微生物肥料种类繁多，鱼龙混杂。从实际使用效果反馈来看，好的微生物肥料确实能够有效增强植物抗逆性，改善土壤团粒结构，缓解重茬连作障碍，减轻土传病害。从根源上来看，好的微生物肥料，应该同时具备以下多个方面的特点。
（一） 优良的菌种
微生物肥料所采用的菌种应该是在实验室进行反复筛选、理化鉴定、作用机制及特性比较清楚的基础上，经过反复田间验证，证明符合生产要求、肥效作用好的优良菌种。
（二）生产工艺优化
选择符合要求的发酵设备，能够防止各环节的污染。培养基配方、酸碱度、温度、通气量、吸附剂的选择和灭菌等，均应符合该种微生物的要求。
（三）杂菌少，菌种纯度高
微生物肥使用后起作用的只有活菌，而菌衡量的标准为“有效活菌数”，这样看来有效活菌数量越大效果越好，并不完全是这样。菌种的纯度很重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用，并且市场上也有少数不合格产品中含有致病菌，不仅修复不了土壤，还会导致病害发生。
（四） 菌种之间协同增效
微生物肥料不是菌种越多、数量越大越好。复合微生物菌的使用效果会受到不同菌种生长习性的影响，盲目的复合，极易造成菌种间的拮抗，影响效果发挥。所以并不是复合的菌种种类越多越好，而是菌种之间能够协同作用、共同促进，才能达到效果。
04微生物肥料的合理使用
微生物肥料不能和细菌杀菌剂、化肥混用。杀菌剂中有杀真菌、杀细菌等多种杀菌剂，而菌肥与微生物菌剂一般为细菌性的菌种，理论上细菌性菌肥与微生物菌剂可以和真菌杀菌剂混用，但实际操作中，两者混用会降低菌种的活性。而化肥中高浓度的盐离子也会对菌种的活性造成影响。所以不建议微生物肥料与真菌杀菌剂和化肥混用。
微生物的生长对温度、水分等环境条件有一定要求，避免在高温干旱条件使用。在高温干旱条件下，生存和繁殖就会受到影响，不能发挥良好的作用。应选择阴天或晴天的傍晚使用这类肥料，并结合盖土、盖粪、浇水等措施，避免微生肥料受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。
使用微生物肥料不能完全替代化肥，但可以提高肥料利用率，减少化肥的投入。因为土壤肥力由生物肥力、化学肥力、物理肥力三部分组成