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核蛋白体（核糖体）：细胞质中无胞膜的颗粒结构 ，直径150-200埃。 中间体（中体）：包围质的膜折皱陷入到质细胞里的结构。 异染颗粒：用染料多色美兰染色，菌体部分兰色颗粒红紫色，故称异染颗粒。 脂类颗粒：细菌在代谢过程中积累起来，但不能被细菌作养料脂类颗粒。 多糖颗粒：有糖原和淀粉二类颗粒，可作为细菌的能量来源。 液泡（Vacuole）：细胞质内清晰的空间。 芽孢（内生孢子Endospora）：某些细菌生长到一定阶段，有细胞内形成一个圆形成圆柱形的对不良环境条件具有较强的抵抗力休眠体叫之。 孢囊（cytocyst）：由营养细胞缩短变成球菌，表面形成一层厚的孔壁称之。 伴孢晶体（parasporal crystal）：某些芽孢杆菌，如苏云金杆菌，在细胞内产生一种晶体状多肽类内含物称之。 裂殖生殖（Schixoteny）：营养体多重分裂的无性生殖。 裂殖（schizogenesis）：表现为细胞的横分裂称为裂殖。异形裂殖：裂殖后形成子细胞与母细胞大小不相等，称为异形裂殖。 同形裂殖：裂殖后形成子细胞与母细胞大小相等，称为同形裂殖。 裂殖体（Schizont）：疟疾寄生物无性生活周期的一个阶段。 菌落（集落bacterial colony）：固体培养基上肉眼可见的微生物生长物（微生物的单个个体或孢子在固体培养基上生长繁殖后形成肉眼可见的集团） 菌苔（bacterial lawn）：几个菌落连在一起成片生长。 培养基（media）：是人工配制的适合于不同微生物生长繁殖或者积累代谢产物的营养基质 基内菌丝（营养菌丝，substrate mycelium），长在培养基内的放线菌菌丝。菌丝无分隔，可以产生各种水溶性、脂肪性色素，使培养基着色。 气生菌丝（二级菌丝）：由基内营养菌丝长出培养基外伸向空间的放线菌菌丝。气生菌丝直生或分枝丝状，较基内菌丝粗。
孢子丝（sporotrichial）：当生长发育到一定阶段，在其气生菌丝上分化出可形成孢子的放线菌菌丝。 水华或水花（Bloom）：在水中有大量的蓝细菌生长，繁殖茂盛，使水随的颜色随藻类的颜色而变化，许多细胞集结在一起形成“水华”或“水花”。（由大量浮游生物生长所引起的水体表面呈色区） 共生关系（symbiotic system）：几种生物在有机联系的共生条件下互相得益的关系，有的共生达到了彼此不能分离的程度，或若分离后生长不良。地衣（lichen）：蓝细菌与真菌形成的共生体。 隔膜（Septum）：菌丝体中的模壁。 菌丝（hypha）：多数真菌的典型营养体呈现丝状或管状单一的细丝叫菌丝（叫菌丝）。 菌丝体（mycelium）：由许多菌丝连结在一起组成的营养体类型叫菌丝体。 有隔菌丝（Septa hypha）：真菌有隔膜的菌丝叫有隔菌丝。 无隔菌丝（Non-septa hypha）：真菌没有隔膜的菌丝叫无隔菌丝。 Z型菌丝（Z-hypha）：有些真菌的营养体类型，在寄主体内和人工培养基上是两种不同类型的菌体称之。 吸器（吸胞）（Haustorium）： 真菌菌丝某处生出特殊形态的菌丝体或菌丝的变态物，伸入寄主体内吸取养分，这些变态物叫吸器。菌环（菌套annulus）： 捕食性真菌形成环状，叫菌环（菌套）。 菌网（macterial net）： 捕食性真菌形成网状，叫菌菌网。 假根（Rhizoid）：一种单一的或多细胞的在菌丝下方生长出发丝状根状菌丝，伸入基质中吸收养分并支撑上部的菌体，呈根状外观。 菌核（Sclerotium）：真菌生长到一定阶段，菌丝体不断地分化，相互纠结在一起形成一个颜色较深而坚硬的菌丝体组织颗粒。 子座（Stroma）：是菌丝分化形成的垫状结构，或是菌丝体与寄主组织或基物结合而成的垫状结构物。 菌索（Rhizomorph）：是菌丝体集合形成的绳状结构。多生于树皮下或地下，形似根状结构物） 菌丝束（hyphal strand）：菌丝平行排列的绳状结构。 蕈菌（子）（fungal）：由大量菌丝紧密结合形成的真菌子实体。 真菌鞭毛（cilium）：是单独的细胞器，不是孢子体躯的延伸，它来源于中心粒系统，由9+2根微管（31根亚纤丝）组成结构物。 接合孢子（zygospore）：是接合菌的有性孢子，由菌丝长出形态相同或略有不同的配子囊接合而成。 strong> 子囊孢子（ascospore）：子囊菌的有性配子或生于子囊内的有性配子叫之。 担孢子（basidiospore）：担子菌的有性孢子为担孢子，是一种外生孢子。 半知菌（fungi imperfecti）：因为只了解其生活史的一半，因此常称为半知菌。 食用菌（edible fungi）：泛指所有可以吃食的真菌。 食用菌（edible mushrooms）：指真菌中有肥大肉质和胶质的繁殖器官（子实体），可以供人类吃食的大型的丝状真菌。 毒伞菌（poisonous mushrooms）：能产生毒素的大型的丝状真菌。 营养体（nutrition body）：真菌营养生长阶段的结构称为营养体。 游动孢子（zoosporangiospore）：鞭毛菌产生的无性孢子。由割裂方式产生，有鞭毛，在在水中游动。 孢囊孢子（sporangiospore）：接合菌产生的无性孢子。由割裂方式产生，无鞭毛，不能游动。 分生孢子（Conidium）：一种无性孢子，可以为一到多个细胞的，和有许多不同的形状（子囊菌、担子菌、半知菌产生的无性孢子， 大多由芽 殖、裂殖方式产生）。 厚垣孢子（chlamydospore）：各类真菌均可形成的无性孢子，由断裂方式产生，壁厚，寿命长，能抗御不良外界环境。（一种厚壁的有抵抗能力的孢子，由菌丝体直接分第而来，菌丝体内原生质和营养物质集中）
休眠孢子囊（resting sporangium）：是某些低等鞭毛菌的有性孢子，由鞭毛菌同型两性接合生育而成。 卵孢子（oospore）：是鞭毛菌中卵菌的有性孢子，由异型两性接合生育而成