种子萌发后，由胚芽背地向上生长形成植物体的主茎，茎上顶芽活动使茎不断伸长，新叶不断出现。每个腋芽经活动产生侧枝，侧枝可再产生分枝，植物体就形成许多分枝。由于分枝的方式与芽的性质及活动情况有关，与顶芽和侧芽的相关性有关，所以每种植物有一定的分枝方式。种子植物常见的分枝方式有下列几种：
⒈单轴分枝(monopodial branching )植株从幼苗开始，主茎的顶芽活动始终占优势，形成直立而粗大的主干。侧芽活动形成的侧枝较不发达，侧枝又以同样方式产生次级侧枝，使整个树冠呈塔形。这种分枝方式称为单轴分枝，是松、杉、银杏等大多数裸子植物和桉树、樟树、杨树等许多木本被子植物的主要分枝方式，其树干粗大直立，常为有价值的建筑及工业用材。红麻、黄麻等草本被子植物以及棉、桃、梨等植物的营养枝也为单轴分枝。
水杉
⒉合轴分枝(sympodial branching)，植物主干的顶芽在生长季节中，生长迟缓或死亡，或顶芽形成花芽，由紧接着顶芽下面的腋芽活动，代替原有的顶芽生长形成主干，如此交替进行，使主干继续生长，这种主干是由许多腋芽发育而成的侧枝联合组成的，所以称为合轴。合轴分枝所产生的各级分枝也是如此。这种分枝在幼嫩时呈显著曲折的形状，在老枝上由于加粗生长，不易分辨。合轴分枝的植株其上部或树冠呈展开状态，既提高了支持和承受能力，又使枝叶繁茂，通风透光，有效地扩大光合作用面积，是较进化的分枝方式。大多数被子植物为这种分枝方式，如马铃薯、番茄、柳树、无花果、梧桐、桑、桃、苹果等。
榆树
3 假二叉分枝(false dichotomous branching )常在具有对生叶序的植物中发生。植物主轴的顶芽活动到一定时期停止活动或分化为花芽，由靠近顶芽的一对腋芽同时发育形成两个次级主轴，外表上看与由顶端分生组织分成两半所形成的二叉分枝一样，但实际上是由两个对生腋芽发育形成的，故称假二叉分枝。如石竹、桂花、丁香、茉莉等植物的分枝就是这种方式。
4 二叉分枝(dichotomous branching)，低等植物的一种分枝方式。顶端分生组织一分为二。可在石松类、蕨类植物中找到，如石松和卷柏的茎、芒萁叶轴的分枝方式，是较原始的性状。
合轴分枝和假二叉分枝是被子植物的主要分枝方式，是较为进化的性状，因顶芽死亡或停止生长可促进侧芽的生长和发育，使枝叶繁茂，增加受光面积，有利于同化产物的合成。
5 禾本科植物分蘖：禾本科的植物由地面或近地面的茎上的腋芽形成分枝的同时向地下产生不定根的分枝方式。禾本科的植物（如水稻、小麦等）的分枝方式与上述几种不同。其分枝由茎基部接近地面密集的几个节上的腋芽发育形成，同时在节上产生不定根这种分枝方式较特殊，称为分蘖(tiller)。主茎产生的分蘖称第一次分蘖；从第一次分蘖枝上产生的分蘖称第二次分蘖，以此类推。产生分蘖的节，称为分蘖节；分蘖节的位置，称为蘖位。如第三片叶的腋部长出的分蘖，其蘖位为三，第四片叶的腋部长出的分蘖，其蘖位为四，蘖位三比蘖位四低，蘖位越低，分蘖产生得越早，生长期也就越长，抽穗结实的可能性就越大。能抽穗结实的分蘖，称为有效分蘖；不能抽穗结实的分蘖，称为无效分蘖。而分蘖程度受品种特性、播种期、播种密度、温度、水、肥料和光等因素的影响，因此，在农业生产上常采用合理密植、巧施肥料、调整播种期、选取合适的作物种类和品种等措施，来促进有效分蘖的生长发育，控制无效分蘖的发生。