(1)组织脱水、透明和浸蜡 在脱水过程中，所用各级酒精的纯度应尽量保持，以便将组织内的水分彻底脱去。在无水酒精中的时间不宜过长，以防组织过硬，造成切片不顺畅。如果无水酒精中含有水分，则组织脱水不彻底。这种含有水分的组织二甲苯不能完全浸入，造成切片无法透明而呈现混浊现象。此时可将组织重行在新无水酒精中脱水。透明所用二甲苯应保持纯度，否则透明难以充分，不利于石蜡渗透。组织在二甲苯中的时间需要严格掌握，时间过长则组织脆硬易碎，时间过短石蜡不易浸入。因为透明所需时间较短，所以透明时间必须注意。浸蜡的温度不可以过高，一般应调节在54～56℃。温度过高时会使组织变脆。浸蜡时间应适当严格控制。
(2)包埋 石蜡温度不可过高，以防烫伤组织。所用镊子也不可烧得过烫，以免在取组织时灼伤组织，造成切片制成后的不良后果。包埋时应根据观察需要而选择组织块摆放方向。
(3)石蜡切片 切片刀要锋利，否则切片时会自行卷起，导致不能顺利将切片切成连续的条带状。切片刀如有缺口存在，切片会断裂、破碎和不完整。切片机各个零件和螺丝应旋紧，否则产生震动可导致切片厚薄不均。在摇动切片机时用力要均匀，避免震动。遇有较硬的脑、肝脏、脾脏等组织时，应轻摇切片，以防组织由于震动而形成空洞现象。切片刀放置角度以200～300为好。过大则切片上卷，不能连接一起，过小则切片皱起。
(二)染色时注意事项
(1)作为染料的溶媒主要是蒸馏水和酒精，以蒸馏水为多。采用浓度较稀的染色液时，组织切片要经过较长时间的浸染才可以得到满意的染色效果。如果组织切片不易着色，可采用浓度较高的染色剂。染色剂pH与染色作用关系密切。染液或试剂有沉淀，用前应过滤。
(2)组织切片的脱蜡应彻底，否则染色效果不好，染色时间的长短需根据染色液对组织的染色作用、染色时的室温条件、切片的厚薄、固定液的类别以及染色液的新旧等有所变异，染色时可使用显微镜观察染色程度。一般增高温度可促进染色，冬季室温低时需加温。
(3)分化是染色成败的关键。分化不当会引起染色不均、过淡或过深等现象。因此有必要在显微镜下观察来进行控制。组织切片脱水、透明等步骤必须彻底，否则切片呈云雾状。
(4)组织切片封固时，应注意中性树胶的浓度，以能滴下成珠为好，如果过稀则易于溢出盖玻片，而且二甲苯挥发后的组织切片会因树胶收缩而产生气泡；如果过浓则在加上盖玻片后，树胶不易散开，出现气泡时不易除去。
封固组织切片时，切片上可剩余适量二甲苯，过多或过少均可引起封固时产生气泡。若切片见有少数气泡时，可用眼科小镊子轻压消除。树胶封固时要注意避免口、鼻呼出气体接触到载玻片，否则切片呈云雾状。在潮湿的环境里，封固动作必须快速。树胶不要滴得过多，以免溢出盖玻片，但太少又不能到达盖玻片边缘。
(5)组织切片在染色前应遮盖保存，以防灰尘落入。染后的切片应妥善保存，避免日光照射而褪色。在染色过程中，组织切片偶有脱离玻片现象，原因如下：载玻片不清洁；附片时的水温过低；烤片时间不足或烤片温度不够而急于染色；组织块脱水不好，影响后续的浸蜡和切片过程；组织过干或过硬，难切成片；浸蜡时间过长可致组织硬脆。