菌种的分离、纯化和培养难度很大，也十分关键。用*生菌进行组织分离，再培养纯化出优良的原种，经人工纯化后再扩大培养，培养出供大量培植的菌种。
2、培植菌种
通常马铃薯、葡萄糖、琼脂、蛋白胨、无机盐等来制作虫草花培养基。大量培植会使用大米、小麦、玉米以及豆类、蛋奶类等按配方比例来制作培养基，分装到容器（瓶子）中后需要进行灭菌。
3、菌种接种
制作好培养基后，下一步将菌种接种到培养基上。这一过程要在无菌的条件下操作，否则可能污染菌种和培养基，带进杂菌。
4、培训菌种
接种后移入培养室内，上架进行培养。菌丝适合生长温度为15-25℃，子座适合生长温度为18-22℃。培养室需要保持一定的温度、湿度和空气洁净。经过2-3个月的培植，长出的子座慢慢变成桔红色或桔黄色棒状时，就可以收成。
5、采收保存
当虫草花的子座变成橘红色或橘黄色棒状并且不再生长时，就需要我们用小刀或者剪刀将其从基部采下，放入到干净的器具内及时的烘干或晾干，但千万不可以放在阳光下暴晒，这样它很可能会褪色，从而失去营养价值。干燥后的子座放在密闭的塑料袋内储存或出售。采收后根据不同的情况给培养基补充水分或营养液，保持适宜的温度可以让其恢复生长，还可再采收1-2茬子座。
综上所述，虫草花种植技术中首先菌种的分离、纯化和培养难度很大，且十分关键。大量培植时通常使用大米、小麦、玉米以及豆类、蛋奶类等按配方比例来制作培养基，分装到容器（瓶子）中后需要进行灭菌。培养基制作好后，将菌种接种到培养基上需要在无菌的条件下操作，否则，污染菌种和培养基，带进杂菌。
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