藻类是生活在淡水和海水的光合自养型生物，可以通过光合作用增加水体中的氧气，加强水体中的溶解氧，只要水体中的氧气充足，有益菌就可以不断地降解池塘中的有机质，而藻类也可以利用细菌在降解有机质的过程中产生的二氧化碳进行光合作用，这样重复循环所形成的体系，我们称为“藻菌共生”
什么是菌藻平衡
01藻类与细菌的相互促进
藻类与细菌的关系是十分复杂的，几乎每一种藻都形成自己独特的菌群而且它们之间还会存在一种特异的种间关系。藻类是通过营养物质交换，例如气体、酸碱度调节等促进细菌的生长。比如说小球藻是通过直接吸收和利用水体的氨氮提高溶解氧，有效促进好氧芽孢杆菌的生长。细菌作为水生态系统中重要的分解者，可以通过较为繁杂的代谢活动，参与池塘中的分解与转化过程，因此作为微藻营养素的供应者和处理者;同时细菌也可以产生或分泌对微藻有益的代谢物或细胞外产物，对藻类起到促进作用。好氧细菌会通过利用微藻对周围的水体中高浓度的溶解氧，为藻类提供还原性较强的生存环境
02藻类与细菌的相互抑制
藻类具有产生代谢产物的基本机制，这些代谢产物包括一些脂肪酸、酚类、多糖等种类，它们具有抑制或消灭某些细菌的作用，例如对地衣芽孢杆菌的抑制是通过细胞的外产物对它产生抑制效果，而非通过对营养物质的竞争而产生的。藻类可以直接与菌类竞争营养物质而起到间接抑制作用。菌类对于藻类的抑制或抗拒作用表现在多个方面，最主要的是这几个：通过营养竞争、产生化学毒素、释放溶藻酶等方式。在特定的水环境中，当没有外源营养物质补充时，通过对营养的竞争，细菌就会抑制藻类的生长
03水体生态平衡
水体中藻类与菌类间的相互促进、相互抑制的作用，可以把水体中的有害物在一定的时间内快速降解，保持水体的自然生态，这个我们称为水体的自净作用。当水体中溶入了过多的营养物质，生态环境就会受到冲击，在生态环境的承受范围内，菌类和藻类的共生关系还在延续，不过因为蓝藻自身的生理特点，菌类对藻类的抑制作用是处于劣势的，水体会慢慢朝富营养化的方向发展，所以，在这个时候我们就需要往水体中投加微生物，与藻类竞争营养，修复微生物菌群结构，增强菌类的抑制能力，才能够有效防止水体向富营养化的方向发展，维持水体基本的生态平衡。
当营养物质的量超过了池塘生态环境的承受范围，就会受到破坏。包括的因素，温度、光照、营养盐、水文等，藻类不再依赖细菌代谢物，而是直接利用水中的营养物质快速繁殖，细菌对藻类的抑制作用迅速瓦解，甚至受到藻类毒素的威胁；养殖的动物食用的速度远远低于藻类的生长速度，所以会导致藻类生长不受限制，水体就会变成了藻类的天下。
04生态平衡的恢复
在水体富营养化时，及时向水体中投放微生物，保持水体菌相与藻相的平衡，维持菌藻共生的关系，是防止水体富营养化的方法之一。但当富营养化未能及时控制，导致一系列严重后果时，单一的方法已经不能达到想要的效果了，就只能是治标而不能治本了。治理方法：先使用物理或者化学除藻，再利用生物酶将水体中的藻毒素降解，改善底泥，最后投放复合微生物菌剂，抑制藻类的生长，维持菌藻共生的关系，从根本上恢复水体的生态平衡。
达到菌藻平衡会怎么样
1、使池底淤泥疏松化和不断削薄，与现代高产水产不断板结化和厚重化，起牵制作用。
2、高菌相趋势，藻相趋于弱化，与现代水产中后期浓绿藻泛滥，起牵制作用，最终达到“菌藻平衡”关系。
3、池塘部体氧化还原电位提高，水体生命力增强（溶氧水平是水体生命力）。
4、 池塘生态抵御环境突变的能力加强，例如抗“暴雨台风-春夏-白露”环境变化的能力显著加强，对突发性水质恶化问题抗力加强。
5、强微三位一体所促成的以上水体生态环境，正好与弧菌和劣质藻相喜欢的环境相反；我们所担心的弧菌、蓝藻和浓绿藻裸甲藻等，它们喜欢的环境恰好相反，是高PH+高总碱+高温+厌氧环境+有机残骸多+高氮环境。
如何做到菌藻平衡
一、使用原则
要天天泼洒发酵碳肥，以保持菌相营养不断粮，维护水体极高的乳酸菌相；以持续控制弧菌和有害物质；
随着水色非常缓慢的变浓，通过自己观察，来进行瘦水清水操作，水变清瘦了再培藻操作等等。如此循环往复，来控制菌藻平衡；